当检察院在审查起诉阶段发现证据不足时，会依据相关法律规定和程序进行处理。以下是详细的解答：

一、处理依据

根据《刑事诉讼法》的相关规定，对于证据不足的案件，检察院有权作出相应的处理决定，以确保司法公正和保障犯罪嫌疑人的合法权益。

二、具体处理方式

1. 退回补充侦查：

   • 检察院在审查案件时，若发现证据存在疑问或不足，可以将案件退回给公安机关，要求其进行补充侦查。
   • 补充侦查的次数一般有限制，最多为两次，且每次补充侦查的时间通常不能超过一个月。
   • 公安机关在补充侦查期间，应针对检察院指出的证据不足部分进行重点调查，收集新的证据材料。

2. 自行侦查：

   • 除了退回公安机关补充侦查外，检察院也可以选择自行对案件展开侦查工作，以获取更多证据。

3. 存疑不起诉：

   • 经过补充侦查或自行侦查后，如果检察院仍然认为案件的证据不够充分，不符合起诉条件，那么应当作出不起诉的决定。
   • 这种情况被称为“存疑不起诉”，是检察院在证据不足时比较常见的处理结果。

三、实际案例

以一起盗窃案件为例，检察院在审查时发现能够证明犯罪嫌疑人实施盗窃行为的关键物证缺失，导致整个证据链不完整。于是，检察院将案件退回给公安机关进行补充侦查。公安机关补充了新的证据之后，检察院再次进行审查。如果检察院仍然认为现有的证据达不到起诉的标准，就会作出不起诉的决定。

四、处理意义

1. 保障司法公正：通过严格的证据审查程序，确保只有证据确凿、充分的案件才能进入起诉阶段，从而维护司法的公正性和权威性。
2. 保护犯罪嫌疑人合法权益：存疑不起诉制度能够避免在证据不充分的情况下对犯罪嫌疑人进行不当追诉，保护其合法权益不受侵犯。

综上所述，当检察院在审查起诉阶段发现证据不足时，会依法进行退回补充侦查、自行侦查或存疑不起诉等处理。这些处理方式旨在确保司法公正、保护犯罪嫌疑人合法权益，并维护法律的公平正义。