发放工资可以冲抵法人往来款。以下是对此问题的详细分析：
一. 法律依据与合规性
根据《中华人民共和国会计法》第九条的规定，各单位必须根据实际发生的经济业务事项进行会计核算，填制会计凭证，登记会计账簿，编制财务会计报告。这意味着，如果法人与公司之间存在合法的往来款项，且双方同意将法人的工资与应转回的往来款进行冲抵，这一行为在法律上是允许的。然而，这种冲抵必须基于实际的经济业务，并确保有相应的会计凭证和记录。
二. 财务处理与具体操作
冲抵条件：
- 双方（法人与公司）需就往来款的冲抵达成一致意见。
- 确保往来款的性质允许冲抵，且不存在法律或合同上的限制。
- 往来款必须是法人对公司负有的债务，且该债务已到清偿期。
财务处理：
- 在进行冲抵时，公司应按照相关财务制度和规定进行账务处理。
- 具体的会计处理可能涉及调整“其他应收款”（或“应收账款”等科目，视具体情况而定）和“应付职工薪酬”等科目。
- 例如，如果法人应转回的往来款记录在“其他应收款”科目下，而工资则记录在“应付职工薪酬”科目下，那么在进行冲抵时，可以通过借记“应付职工薪酬”科目、贷记“其他应收款”科目的方式进行账务处理。
三. 注意事项
- 确保合规性：在进行冲抵前，务必确保该行为符合相关法律法规和公司章程的规定，避免涉及任何违法或不合规的资金操作。
- 保留记录：保留完整的转账记录和会计凭证，以备未来可能的审计或核查。
- 避免风险：虽然冲抵往来款可以简化财务处理流程，但公司仍需谨慎操作，避免因此产生潜在的财务风险和法律问题。
我的观点：在符合相关法律法规和财务处理规范的前提下，发放工资可以冲抵法人往来款。然而，为了确保合规性和降低风险，公司在进行此类操作时务必谨慎，并咨询专业的财务或法律顾问的意见。如有进一步需要，您可以继续咨询我。