针对您提出的“违反物业管理条例第五十四条由何部门处罚”的问题，我首先明确结论：根据《物业管理条例》的相关规定，违反该条例第五十四条的行为，将由县级以上地方人民政府房地产行政主管部门进行处罚。

接下来，我为您详细解析这一结论：

1. 违规行为界定：

   • 《物业管理条例》第五十四条主要规定了利用物业共用部位、共用设施设备进行经营的相关要求，即必须在征得相关业主、业主大会、物业服务企业的同意后，按照规定办理有关手续。若未经允许擅自进行经营，则构成违规。

2. 法律责任与处罚：

   • 对于擅自利用物业共用部位、共用设施设备进行经营的行为，根据《物业管理条例》第六十三条的规定，县级以上地方人民政府房地产行政主管部门有权责令行为人限期改正，并给予警告。
   • 若为个人行为，将处以1000元以上1万元以下的罚款；若为单位行为，则罚款金额为5万元以上20万元以下。

3. 罚款所得的使用：

   • 所有因上述违规行为而收取的罚款，必须用于物业管理区域内物业共用部位和共用设施设备的维修、养护。
   • 罚款所得在扣除维修养护费用后如有剩余，应按照业主大会的决定进行使用。

综上所述，违反《物业管理条例》第五十四条的规定，将由县级以上地方人民政府房地产行政主管部门进行处罚。希望这一解答能够对您有所帮助。如有其他房产或物业纠纷相关的问题，欢迎随时向我咨询。