工程造价公司对工程设计有异议时，应首先依据合同约定提出异议并寻求解决，若合同无约定或约定不明，则可参照相关法律法规及行业规范处理。具体分析如下：
一. 合同约定优先
- 异议提出：根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，对双方均具有法律约束力。因此，工程造价公司在对工程设计有异议时，应首先查阅合同中关于异议提出、处理方式及期限等条款，并按照约定执行。
- 解决方式：合同可能约定了异议的解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。工程造价公司应依据合同约定，选择适当的解决方式。
二. 无约定或约定不明时的处理
- 参照法律法规：在合同无约定或约定不明的情况下，工程造价公司可以参照《中华人民共和国建筑法》、《建设工程质量管理条例》等法律法规，对工程设计异议的提出、处理及责任划分等进行规范。
- 行业规范：此外，还可以参照工程造价行业的相关规范，如《建设工程造价管理办法》等，了解行业内的通常做法和标准，以合理、公正地处理异议。
- 沟通协商：在实际操作中，工程造价公司应首先与工程设计方进行沟通协商，明确异议的具体内容、影响及解决方案。通过友好协商，往往能够更高效地解决问题。
三. 异议处理的注意事项
- 及时性：工程造价公司在发现工程设计异议时，应及时提出并寻求解决，以避免因延误而造成的损失扩大。
- 证据保留：在提出异议及处理过程中，工程造价公司应妥善保留相关证据，如设计图纸、计算书、沟通记录等，以便在必要时进行举证。
我建议：工程造价公司在处理工程设计异议时，应充分了解合同约定及法律法规，遵循公平、公正、合理的原则，通过沟通协商等合法途径寻求解决方案。如有进一步需要，您可以继续咨询我。