针对“工程施工超招标合同怎么办”的问题，这确实是一个在实际工程项目中可能会遇到的复杂情况。以下是根据您提供的参考信息，结合实际情况给出的详细解答：
首先，需要明确超招标合同的具体原因，因为不同的原因会导致不同的处理方式和责任归属。主要原因可能包括工程变更、市场价格波动以及承包方管理不善等。
一、工程变更
因设计变更、内容变动等导致的造价增加：
- 双方应首先查看合同中是否有关于工程变更的约定，并按照约定的流程及时办理变更签证，明确变更部分的价款调整方式及金额。
- 如果合同中没有相关约定，双方应协商补充协议，明确新增范围、价格调整方式及验收标准。补充协议应经法务审核，避免模糊表述，确保双方权益。
界定超范围内容：
- 核对招标文件中的技术规格、工程量清单及服务边界，确认新增需求是否属于“实质性变更”。
- 评估变更对成本、工期及合规性的影响，以便制定合理的应对措施。
二、市场价格波动
- 如果因市场价格波动等不可预见因素导致成本增加，双方需按合同中价格调整条款执行。
- 若合同中没有价格调整条款，可参照相关计价规范和市场行情合理分担风险。
三、承包方管理不善
- 如果因承包方自身管理不善导致造价高于招标价，发包方一般无需承担超出部分费用，由承包方自行承担损失。
- 在这种情况下，承包方应加强内部管理，提高成本控制能力，以避免类似情况再次发生。
四、综合应对措施
合同变更管理：
- 对于所有变更，都应确保符合相关法律法规的要求，特别是《招标投标法》中关于不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议的规定。
- 国企项目还需特别关注国资委对“三重一大”事项的审批要求。
合规性审查与风险防控：
- 保存变更需求的原始文件、现场照片及技术论证报告等证据链材料。
- 采用BIM模型对比变更前后工程量差异，增强说服力。
- 约定仲裁或诉讼管辖地，优先选择工程所在地法院以降低执行难度。
- 对重大变更考虑投保“工程履约保证保险”，以转移违约风险。
及时沟通与协商：
- 双方应保持及时沟通，共同协商处理造价差异，避免纠纷的发生。
- 在处理过程中，应本着公平、公正、合理的原则，共同寻求解决方案。
综上所述，工程施工超招标合同是一个复杂的问题，需要根据具体原因采取不同的处理措施。双方应加强沟通与协作，共同应对挑战，确保工程项目的顺利进行。