摩托车交通信号灯违规的扣分标准，根据《道路交通安全法》的相关规定，主要是针对闯红灯这一违法行为。具体来说，如果摩托车驾驶员违反道路交通信号灯通行，即闯红灯，将会被扣除6分，并罚款200元。

这一处罚标准是基于交通法规对交通信号灯的重要性以及闯红灯可能带来的严重后果而制定的。闯红灯不仅违反了交通规则，而且极大地增加了交通事故的风险，对自己和他人的生命安全都构成了严重威胁。

此外，值得注意的是，闯红灯的处罚并不仅限于扣分和罚款。如果驾驶员在一年内多次闯红灯，处罚将会更加严厉。例如，一年内三次以上的闯红灯行为，第三次起每次将罚款一千元；五次以上的，除了罚款外，每次还将扣除驾驶证三个月。

因此，作为摩托车驾驶员，必须严格遵守交通规则，特别是关于交通信号灯的规定。在行驶过程中，应时刻保持警惕，注意观察交通信号灯的变化，并严格按照信号灯的指示行驶。如果发现自己即将闯红灯，应立即刹车停止，等待绿灯亮起后再通行，以确保自己和他人的安全。

总的来说，摩托车交通信号灯违规的扣分标准是严格的，这也是为了维护道路交通秩序和保障公众安全而制定的。驾驶员应该自觉遵守交通规则，共同营造一个安全、有序的交通环境。