当您的摩托车因违反交通信号灯规定被扣6分时，您可以按照以下详细步骤来处理这一情况，并确保遵守相关法律法规：
一、确认违章信息
首先，您需要通过合法途径确认自己的违章信息。这可以通过两种方式实现：
线上查询：利用交管12123 APP或当地交警部门的官方网站，输入您的车辆相关信息（如车牌号、车架号等）来查询具体的违章记录及详情。
线下查询：携带您的身份证、驾驶证和行驶证，前往当地交警大队的违章处理窗口，请求工作人员为您查询并确认违章信息。
在确认违章信息时，请务必核对违章时间、地点、违章代码以及罚款金额等详细信息，确保信息的准确性。
二、准备相关材料
在处理违章时，您需要准备以下材料：
如果您委托他人代办，还需提供代办人的身份证、您的委托书以及您的相关证件。
三、缴纳罚款
根据违章处理决定书，您需要缴纳相应的罚款。缴纳方式有两种：
线上支付：通过交管12123 APP、当地交警部门官方网站或指定的网上支付平台完成缴费。
线下支付：前往指定银行的柜台或使用自助缴费终端，根据违章处理决定书完成缴费。
特别提醒：请务必注意缴纳罚款的期限，逾期未缴可能会导致额外的滞纳金或法律后果。特别是现场开具的罚单，通常需在15天内处理。
四、处理记分
您的驾驶证将被记6分。关于记分，您需要了解以下几点：
记分周期：驾驶证的记分周期为12个月，从您初次领证的日期开始计算。
记分影响：若在一个记分周期内记分达到12分，您需要参加科目一的学习和考试，考试合格后记分才能清零。因此，被记6分后，您要特别注意驾驶行为，避免再次违章导致分数累积。
五、加强交通安全意识
违反交通信号灯是严重的交通违法行为，可能引发交通事故，威胁您和他人的生命安全。因此，您应加强对交通安全法律法规的学习，提高驾驶技能和交通安全意识，确保今后严格遵守交通规则。
六、提出申诉（如有异议）
如果您对违章处罚有异议，可以在收到处罚通知书之日起一定时间内（具体期限根据当地规定而定）提出申诉。申诉流程如下：
向作出处罚决定的机关提出申诉或行政复议。
提供充分的证据来支持自己的观点，如行车记录仪视频、照片等。
等待申诉结果。若申诉成功，处罚可能会被撤销或减轻。
注意事项
及时处理：请避免拖延处理违章，以免产生不必要的滞纳金或法律后果。
记分管理：请密切关注自己的记分情况，合理规划驾驶行为，确保记分不超标。
法律意识：请增强交通安全法律意识，严格遵守交通规则，保障自身和他人的安全。
希望以上解答能帮助您清晰、详细地了解如何处理摩托车违反交通信号灯被扣6分的情况。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询当地交警部门或专业律师。