摩托车因闯红灯被处以200元罚款并扣6分的，需按以下步骤处理：

1. 接受处罚决定
   根据《道路交通安全法》第九十条及《机动车驾驶证申领和使用规定》相关规定，摩托车属于机动车范畴，闯红灯行为将面临200元罚款+驾驶证记6分的处罚。处罚决定书会明确记载违法事实、法律依据及救济途径，需签字确认。

2. 缴纳罚款

   • 期限：自收到处罚决定书之日起15日内完成缴纳，逾期每日按罚款数额的3%加处罚款（但加处罚款总额不超过罚款本金）。
     
   • 方式：可通过交管12123APP、银行柜台、自助终端等渠道缴纳，部分地区支持支付宝/微信支付。
     
   • 凭证：缴纳后保留缴费回执或电子凭证，作为已履行义务的证明。

3. 处理扣分

   • 记分周期：驾驶证一个记分周期为12个月，扣分会在本周期内累计。若周期内未满12分，罚款缴纳后记分自动清除；若扣满12分，需参加7日交通安全教育并重考科目一。
     
   • 影响：扣6分可能导致保险费率上浮、部分城市摇号资格受限（如深圳），需关注当地政策。

4. 特殊情形处理

   • 异议申诉：若认为处罚有误（如信号灯故障、被套牌等），可在收到处罚决定书后60日内向作出处罚的交警部门申请行政复议，或6个月内直接向法院提起行政诉讼。
     
   • 代扣分风险：严禁通过买卖分数或冒用他人驾驶证处理违法，此类行为涉嫌违反《治安管理处罚法》第六十条，可能面临5-10日拘留+200-500元罚款。

建议：及时处理违法记录，避免因逾期产生额外费用或影响驾驶证状态。若对处罚有疑问，可直接向我咨询具体法律适用及程序问题。