遇到犯罪组织，主要由公安机关负责处理。公安机关是负责维护社会治安、打击犯罪的主要力量，对于发现的犯罪组织，他们会依法进行调查、取证、抓捕和移送起诉等工作。

具体来说，公安机关的刑侦部门会承担对犯罪组织的侦查工作，包括收集犯罪证据、追踪犯罪嫌疑人、实施抓捕行动等。在侦查过程中，公安机关会依法采取必要的强制措施，如拘留、逮捕等，以确保犯罪嫌疑人不逃脱法律的制裁。

同时，检察机关和审判机关也会在各自的职责范围内参与对犯罪组织的处理。检察机关负责对公安机关移送的犯罪案件进行审查起诉，确保案件符合起诉条件；审判机关则负责对案件进行审理，依法作出判决。

如果你或你身边的人遇到了犯罪组织，请立即向当地的公安机关报案，他们会依法进行处理。在处理过程中，你也可以咨询专业律师，了解相关法律规定和自身权益，以便更好地配合公安机关的工作。