《国家安全机关办理刑事案件程序规定》是国家安全机关在办理刑事案件时必须遵循的法定程序规定。虽然无法直接给出该规定的全文或详细条款，但我可以基于一般性的法律原则和程序规定，为您概述国家安全机关办理刑事案件的基本流程和要点。

一、案件受理与立案

1. 案件来源：国家安全机关办理的刑事案件主要来源于自身的侦查发现、群众的举报、其他机关的移送等。
2. 立案条件：当发现可能有危害国家安全犯罪行为时，国家安全机关需进行初步审查。若认为有犯罪事实需要追究刑事责任，且属于国家安全机关管辖范围，则应依法立案侦查。

二、侦查阶段

1. 侦查措施：国家安全机关在侦查过程中，可以采取多种措施，如询问证人、被害人，勘验、检查，搜查，扣押物证、书证，鉴定，通缉等。
2. 强制措施：根据需要，国家安全机关可以对犯罪嫌疑人采取拘传、取保候审、监视居住、拘留、逮捕等强制措施。

三、审查起诉与审判

1. 审查起诉：侦查终结后，国家安全机关需将案件移送人民检察院审查起诉。人民检察院将对案件的事实、证据、适用法律等进行全面审查。
2. 审判阶段：若人民检察院认为案件符合起诉条件，将向人民法院提起公诉。人民法院将依法组成合议庭，对案件进行公开、公正、公平的审理，并作出判决。

四、特别程序

1. 国家安全审查：由于国家安全机关办理的刑事案件涉及国家安全，因此在侦查、审查起诉和审判过程中，都需要特别注重国家安全审查，确保案件处理不损害国家安全利益。
2. 保密原则：由于案件涉及国家安全，国家安全机关在办理案件时需严格遵守保密原则，防止案件信息泄露。

五、犯罪嫌疑人、被告人的权利保障

在办理刑事案件过程中，国家安全机关应依法保障犯罪嫌疑人、被告人的合法权益，如知情权、辩护权、申诉权等。

六、结语

《国家安全机关办理刑事案件程序规定》是确保国家安全机关依法、规范、高效办理刑事案件的重要保障。虽然具体条款可能因法律更新而有所变化，但基本流程和要点通常保持稳定。若您对国家安全机关办理刑事案件的具体程序有疑问或需要更详细的信息，建议咨询专业的法律人士或机构。