针对“请假做手术超期了怎么处理”的问题，这确实是一个涉及员工权益和公司规章制度之间的平衡问题。以下是一些建议来处理这种情况：

首先，员工在请假做手术时，应该尽量提前与公司沟通，明确手术时间和预计的康复期，以便公司能够做出相应的安排。如果手术后的康复期超出了原先预计的时间，员工应该尽快与公司联系，说明情况并申请延长病假。

如果员工因为特殊原因（如手术并发症、康复效果不佳等）无法及时返回工作岗位，并且未能及时履行请假手续，建议员工在康复后尽快向公司提交相关的医疗证明和请假单，以补办请假手续。在这种情况下，公司通常会根据员工的实际情况和公司的规章制度来做出决定。

从公司的角度来看，当员工请假超期未归时，公司首先应该尝试与员工取得联系，了解具体情况。如果员工提供了合理的解释和医疗证明，公司可以考虑批准延长病假或者根据实际情况做出其他安排。如果员工没有提供合理的解释或者违反了公司的规章制度，公司可以根据相关规定进行处理，包括但不限于按旷工处理或者解除劳动合同。

然而，需要注意的是，公司在处理员工请假超期的问题时，必须遵守相关的法律法规和劳动法规。例如，对于因患病或者非因工负伤需要停止工作医疗的员工，公司应该给予一定的医疗期，并且在医疗期内不得解除劳动合同。此外，对于女性员工因生育或者人工辅助生殖需要请假的情况，公司也应该给予特殊的保护和照顾。

综上所述，处理请假做手术超期的问题需要综合考虑员工的实际情况、公司的规章制度以及相关的法律法规。建议员工和公司之间加强沟通，共同协商解决方案，以确保员工的权益得到保障，同时也维护公司的正常运营秩序。