运输货物有保险时，货物损毁后保险公司确实享有代位追偿权。以下是对这一问题的详细解答：

首先，我们需要明确代位追偿权的含义。在保险法中，代位追偿权是指因第三者对保险标的的损害而造成保险事故的，保险人自向被保险人赔偿保险金之日起，在赔偿金额范围内代位行使被保险人对第三者请求赔偿的权利。

接下来，我们分析货物运输保险的情况。当承运人通过物流公司购买货物运输保险后，如果货物在运输过程中发生损毁，且该损毁是由第三者（如承运人、其他交通参与者等）造成的，那么保险公司会根据保险合同的约定向被保险人（通常是货主）进行赔偿。

在赔偿之后，保险公司就取得了代位追偿权。这意味着，保险公司可以代替被保险人向造成货物损毁的第三者进行追偿。无论承运人是否是保险合同的投保人，都不影响保险公司代位追偿权的行使。

此外，值得注意的是，承运人如果想要转移承运过程中可能产生的损害赔偿责任，应当选择投保与其保险利益相匹配的险种，如承运人责任险或物流责任险，而不是货物运输保险。因为货物运输保险的标的是承运的货物，是以对货物的物上权利而成立的保险险种，赔偿范围在于货物损失。承运人虽然负有将货物安全运输至目的地的责任义务，但这种责任义务并不表示承运人对货物享有所有权人的保险利益。

综上所述，当运输货物有保险且货物损毁是由第三者造成时，保险公司享有代位追偿权。承运人应当选择与其保险利益相匹配的险种进行投保，以更好地转移和分散风险。