两家独立法人子公司是可以参与同一工程项目的施工投标的。但需要注意的是，根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》的相关规定，如果两家公司之间存在特定的关系，如单位负责人为同一人或者存在控股、管理关系，那么它们就不得参加同一标段投标或者未划分标段的同一招标项目投标。
具体来说：
法规依据：
- 《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十四条明确规定：“单位负责人为同一人或者存在控股、管理关系的不同单位，不得参加同一标段投标或者未划分标段的同一招标项目投标。”
情况分析：
- 如果两家子公司是完全独立的，即没有上述条例中提到的单位负责人为同一人、控股或管理关系，那么它们是可以参与同一工程项目的施工投标的。
- 如果两家子公司之间存在上述条例中的任何一种关系，那么它们就不能参与同一标段或未划分标段的同一招标项目的投标，否则相关投标将被视为无效。
实际操作建议：
- 在参与投标前，两家子公司应仔细审查彼此之间的关系，确保符合法规要求。
- 如果存在任何疑问或不确定的情况，建议咨询专业的法律顾问或律师，以避免潜在的法律风险。
综上所述，两家独立法人子公司是可以参与同一工程项目的施工投标的，但前提是它们之间不存在单位负责人为同一人、控股或管理关系。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。