针对您提出的“非法开采农用地40亩怎么处理”的问题，首先我们需要明确的是，非法占用或开采农用地是违反我国土地管理法规的行为，且根据占用或破坏的农用地面积及后果，可能会构成犯罪。

根据最高人民法院《关于审理破坏土地资源刑事案件具体应用法律若干问题的解释》的相关规定，非法占用耕地改作他用，如果数量较大且造成耕地大量毁坏，将依照刑法以非法占用耕地罪定罪处罚。具体来说：

1. 非法占用耕地“数量较大”的标准：

   • 非法占用基本农田五亩以上；
   • 或者非法占用基本农田以外的耕地十亩以上。

2. 非法占用耕地“造成耕地大量毁坏”的定义：

   • 行为人非法占用耕地进行非农业建设，如建窑、建坟、建房、挖沙、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物等；
   • 导致基本农田五亩以上或者基本农田以外的耕地十亩以上种植条件严重毁坏或者严重污染。

在您的案例中，非法开采农用地达到40亩，显然已经远超上述“数量较大”的标准。因此，如果这一行为还造成了耕地的严重毁坏或污染，那么相关责任人将很可能面临刑事法律的制裁。

处理流程通常包括以下几个步骤：

1. 调查取证：相关部门会对非法开采行为进行调查，收集证据，包括现场勘查、询问证人、查阅相关文件资料等。

2. 法律评估：根据调查取证的结果，评估行为是否构成犯罪，以及犯罪的严重程度。

3. 立案侦查：如果评估结果显示构成犯罪，相关部门将立案侦查，进一步收集证据，准备起诉材料。

4. 法律制裁：根据犯罪的性质和严重程度，法院将对责任人进行相应的法律制裁，可能包括有期徒刑、罚金等。

5. 恢复治理：在法律责任追究的同时，还会要求责任人对被破坏的农用地进行恢复治理，以恢复其农业生产功能。

综上所述，非法开采农用地40亩是一个严重的违法行为，相关责任人将面临严厉的法律制裁，并需要承担恢复治理的责任。建议您或相关责任人立即停止非法行为，并主动向相关部门报告，配合调查处理。