首先，公司制度认为不合理，发了佣金又要回来，员工有权根据具体情况采取相应的法律措施来维护自己的权益。以下是对此问题的详细分析：

1. 审查佣金发放的依据：

   • 审查与公司签订的劳动合同、佣金协议或公司规章制度中，是否有关于佣金发放的具体条款。
   • 确认佣金发放是否基于明确的业绩考核标准或双方约定的条件。

2. 评估公司行为的合法性：

   • 如果公司没有正当理由或违反合同约定收回已发放的佣金，这种行为可能构成违约或侵犯员工权益。
   • 需要评估公司收回佣金的具体理由是否合法、合理，并且是否符合相关法律法规的规定。

3. 采取法律措施：

   • 如果确认公司行为违法或违约，员工可以与公司进行沟通协商，要求公司纠正错误并补发佣金。
   • 如果沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者提起劳动仲裁，甚至向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

4. 保留证据，备查备用：

   • 员工应妥善保存与公司佣金发放和收回相关的所有证据，如劳动合同、佣金协议、银行流水、沟通记录等。
   • 这些证据在后续的法律程序中可能起到关键作用，有助于证明员工的权益和公司的违约行为。

综上所述，面对公司不合理地收回已发放的佣金，员工应首先审查佣金发放的依据，评估公司行为的合法性，并据此采取相应的法律措施来维护自己的权益。如有需要，可以直接向我咨询具体的法律问题。