当您在高速公路上行驶时，如果车辆的玻璃被石子打碎，您可以根据以下步骤进行赔偿：
一、明确责任主体与索赔路径
向造成石子飞溅的车辆索赔
- 如果您能确切证明石子是由其他车辆（如违规装载导致石子掉落）飞溅所致，该车辆需承担相应责任。
- 在确保安全的前提下，立即使用手机或行车记录仪拍摄现场照片、视频，并记录事故发生的时间、地点、经过及车辆损坏情况。
- 及时报警，并尝试与责任方及其保险公司协商赔偿事宜。如果协商无果，可以基于交通事故责任认定书向人民法院提起民事诉讼。
通过自身保险理赔
- 如果您的车辆已投保车损险（玻璃单独破碎险已并入车损险），则无论石子来源如何，都可以向保险公司申请理赔。
- 事故发生后，尽快通知保险公司，并配合其完成现场勘查或按要求将车开至定损点。
- 选择指定或具有资质的修理厂进行维修，之后提交维修发票、定损单等必要理赔材料给保险公司。
- 保险公司审核通过后，将支付赔款给您。
向高速公路管理部门索赔
- 如果您能严格证明高速公路管理部门因维护不当（如路面石子未及时清理）导致事故发生，则可以向其索赔。
- 收集事故现场照片、视频及行车记录仪记录作为证据，并向高速公路管理部门报告事故情况。
- 提供完整材料与管理部门协商赔偿，如果协商不成，可以通过诉讼要求其承担责任。
二、报警与备案
- 在发生此类事故时，首先应立即拨打122报警电话进行备案。这是关键的一步，因为交警的备案能为后续的赔偿申请提供不可或缺的依据。
三、联系路政与开具证明
- 联系事故发生地的路政部门，告知他们具体情况，包括时间、地点和事故经过。
- 前往当地交警队开具一份事故责任证明，证明上必须明确写明“因道路遗撒物致车辆受损”，这是申请赔偿的关键依据。
四、准备材料与赔偿申请
- 准备好身份证、银行卡、修车发票和事故证明等材料。
- 带着这些材料去路政部门签订一次性赔偿协议，并提交赔偿申请。
- 路政部门审核通过后，赔偿款将在7到15个工作日内直接打到您提供的银行卡上。
五、注意事项与建议
- 无论选择哪种索赔路径，及时报案并与相关部门保持密切沟通都是保障您权益的重要步骤。
- 强力建议您安装行车记录仪，以便在事故发生时提供确凿证据。
- 在平时驾驶过程中，注意保持与前车的安全距离，尤其是在高速公路上跟车时。
- 定期对车辆进行检查和保养，确保前挡风玻璃、轮胎、底盘等部位的完好。
通过以上步骤，您可以有效地处理因高速公路上石子飞溅导致的车辆玻璃损坏问题，并争取到应有的赔偿。