针对您提出的“刑事案件生效判决后发现案件事实有重大变化”这一问题，以下是我的详细解答：
首先，明确结论：刑事案件生效判决后发现案件事实有重大变化，通常需要根据新发现的事实对原判决的影响程度，依法启动相应的法律程序进行处理。
接下来，分情况详细阐述：
新事实对定罪量刑有重大影响：
- 若新发现的事实足以影响原判决的定罪或量刑，法院应当启动审判监督程序进行再审。
- 再审过程中，法院会仔细审查新事实及相关证据，依据法律与证据重新作出判决。
- 例如，新证据表明原被告人的犯罪行为另有隐情，可能改变罪名认定或量刑幅度，此时就需重新考量并作出判决。
新事实仅关乎量刑情节变动：
- 若新发现的事实仅对量刑情节有所影响，而不影响定罪，法院可以作出补充判决或裁定来调整原判决的量刑。
- 例如，发现被告人有新的从轻处罚情节，法院可以据此对原判决的量刑进行微调。
新犯罪事实的发现：
- 若判决生效后发现被告人有新的犯罪事实，且该事实与原判之罪属于不同种数罪，一般应根据数罪并罚的规则，将前罪已判处刑罚与新罪应判处刑罚合并处罚。
- 若是同种新罪，则通常会将新罪单独作出判决，再与原判刑罚按相应规则确定最终执行刑罚。
- 处理程序上，由公安机关对新的犯罪事实进行侦查，侦查终结后移送检察院审查起诉，检察院审查后向法院提起公诉，法院经审理作出裁判。
此外，还需注意以下几点：
- 当事人有权申诉或请求再审来维护自身权益。若认为原判决有误，可以依法提出申诉或请求再审。
- 处理此类情况要严格遵循法律程序和证据规则，确保司法公正。
- 新事实的发现和处理可能会影响到原判决的执行等一系列后续工作，因此需谨慎处理。
总结：刑事案件生效判决后发现案件事实有重大变化，应根据新事实对原判决的影响程度，依法启动相应的法律程序进行处理。当事人有权申诉或请求再审，同时处理过程中应严格遵循法律程序和证据规则，确保司法公正。如有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，请随时向我咨询。