在租赁有抵押的商铺时，为了合理约定赔偿条款以保护双方权益，您可以参考以下建议：

首先，要明确的是，按照法律规定，租赁关系本身并不会因抵押权的存在而受到影响。但是，在抵押权被实施时，比如抵押权人要求实现其抵押权，可能会导致租赁关系提前终止，从而给租户带来一定的损失。

针对这种情况，赔偿条款可以包含以下几个方面：

1. 明确违约责任：

   • 在租赁合同中，应明确出租方因未告知或隐瞒商铺抵押情况而应承担的违约责任。如果因抵押权的实施导致租赁关系提前结束，出租方需要承担因此产生的损失赔偿责任。

2. 损失赔偿范围：

   • 损失赔偿应涵盖租户因租赁关系提前结束而遭受的直接经济损失，如搬迁费用、重新找商铺的费用、装修损失（如果适用）以及因搬迁导致的经营中断损失等。
   • 可以考虑设定一个具体的赔偿计算方式或标准，以便在发生争议时能够有据可依。

3. 抵押权人同意出租的证明：

   • 租户有权要求出租方提供抵押权人同意出租的书面证明。如果出租方无法提供该证明，租户有权解除租赁合同，并要求出租方赔偿因此产生的损失。

4. 租户的合理注意义务：

   • 租户在签订租赁合同前，应尽到合理的注意义务，了解商铺的抵押情况。如果租户在签订合同时已经知道或应当知道商铺被抵押，并且未提出异议，那么在一定程度上可能会减轻出租方的赔偿责任。

5. 争议解决机制：

   • 在租赁合同中，可以约定争议解决机制，如协商、调解、仲裁或诉讼等方式，以便在发生争议时能够迅速有效地解决。

综上所述，通过在租赁合同中明确约定赔偿条款，可以有效保护双方的权益，减少因商铺抵押而引发的纠纷。建议在签订租赁合同前，双方应充分沟通并协商好相关条款，以确保合同的公平性和合法性。