针对您提出的“车辆超过3人扣分怎么处理”的问题，以下是根据相关交通法规为您提供的详细解答：
一、车辆超员的处罚规定
车辆超员是违反交通法规的行为，具体处罚需根据超员情况、车辆类型以及当地交通管理部门的执行标准来确定。以下是一般情况下的处罚规定：
公路客运车辆、旅游客运车辆：
- 超员未达20%：一次记6分，并处二百元以上五百元以下罚款。
- 超员20%以上，未达100%：一次记12分，处五百元以上二千元以下罚款。
- 超员100%以上：同样一次记12分，并处五百元以上二千元以下罚款，且可能面临更严厉的处罚，如吊销驾驶证。
7座以上载客汽车：
- 超员情况也有类似的记分和罚款规定，具体根据超员比例进行处罚。
其他载客汽车（包括私家车）：
- 超员20%以上：一次记3分（新交规可能对此有所调整，具体以当地规定为准），并依据具体情况处以相应罚款。
二、应对办法
及时处理违章：
- 收到违章通知后，应尽快携带相关证件（如驾驶证、行驶证）前往当地交警部门或通过指定的线上渠道（如交管12123APP）处理超员违章。
缴纳罚款：
- 按照规定的罚款金额和缴费方式，在规定时间内缴纳罚款，以避免产生滞纳金。
参加学习和考试：
- 若因超员被记满12分，需在规定时间内到机动车驾驶证核发地或违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。学习结束后，需参加科目一考试，考试合格后记分予以清除，并发还机动车驾驶证。
三、注意事项
- 各地对于交通违法的具体执行标准可能存在差异，请务必以当地交通管理部门的规定为准。
- 超载不仅违法，而且严重危害道路安全和车辆性能。驾驶时应始终注意车辆的载客人数，确保不超过规定的人数限制，以保障自己和他人的生命安全。
- 如遇超载情况，建议立即与当地交通管理部门联系，了解具体的处罚措施并进行处理，以避免产生更严重的后果。
综上所述，车辆超员是严重的交通违法行为，将受到法律的严厉制裁。为了自身和他人的安全，请严格遵守交通法规，切勿超员驾驶。