当事人申请复印民事诉讼证据，检察机关不准许时，应当书面答复。以下是具体的分析：

在民事诉讼中，当事人享有查阅、复制本案有关材料的权利，这包括与案件相关的证据材料。如果当事人向检察机关申请复印民事诉讼证据，而检察机关不准许，那么检察机关应当遵循一定的程序来回应当事人的申请。

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，虽然并未直接明确规定检察机关在不准许当事人复印证据时必须书面答复，但从保障当事人诉讼权利、提高诉讼透明度和效率的角度出发，检察机关应当以书面形式对当事人的申请作出回应。书面答复可以明确检察机关的决定及其理由，便于当事人了解并据此采取相应的诉讼行为。

此外，书面答复也有助于确保检察机关的决定具有可追溯性和可监督性。如果当事人对检察机关的决定有异议，可以依据书面答复进行申诉或寻求其他法律救济途径。

综上所述，检察机关在不准许当事人复印民事诉讼证据时，应当书面答复当事人，并说明不准许的理由和依据。这样做不仅符合诉讼程序的要求，也有助于保障当事人的合法权益和提高诉讼的公正性、透明度。