在承包商直接违约的情况下，通常可以扣除应付费用，但具体扣除方式和额度需根据合同约定及法律规定来确定。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同约定：

   • 首先，应仔细审查租赁合同中的条款，特别是关于违约责任、费用支付、违约金等方面的约定。
   • 如果合同中明确规定了承包商违约时发包方有权扣除应付费用或收取违约金，那么发包方可以依据合同条款执行。
   • 扣除的费用通常应限于因承包商违约给发包方造成的实际损失或合同约定的违约金数额。

2. 法律规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
   • 在承包商违约的情况下，发包方有权要求承包商承担违约责任，包括但不限于扣除应付费用、要求赔偿损失等。

3. 实际操作：

   • 在扣除应付费用前，发包方应确保有充分的证据证明承包商存在违约行为，如书面通知、违约记录、损失证明等。
   • 扣除的费用应合理且符合合同约定及法律规定，避免过度扣除或无故扣款导致法律纠纷。
   • 如果合同中没有明确约定或法律规定不明确，发包方与承包商可以协商解决，或者通过法律途径寻求救济。

综上所述，承包商直接违约时，发包方通常可以扣除应付费用，但具体扣除方式和额度需根据合同约定及法律规定来确定。在实际操作中，应确保扣除行为合法、合理，并保留相关证据以备不时之需。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。