施工单位未办理复工手续擅自复工，可能会受到通报批评、行政处分、罚款、停产停业、暂扣或吊销许可证或营业执照等多种处罚。具体分析如下：
行政处分与通报批评：
- 根据《中华人民共和国传染病防治法实施办法》第七十条，传染病暴发、流行时，若施工单位妨碍或拒绝执行政府采取的紧急措施，如未办理复工手续擅自复工，县级以上政府卫生行政部门报请同级政府批准，可以对单位予以通报批评；对主管人员和直接责任人员由所在单位或者上级机关给予行政处分。
罚款与停产停业：
- 根据《中华人民共和国突发事件应对法》第六十四条，若施工单位未按规定采取预防措施，导致发生严重突发事件，或未及时消除已发现的可能引发突发事件的隐患，或未做好应急设备、设施日常维护、检测工作，导致发生严重突发事件或者突发事件危害扩大，或突发事件发生后，不及时组织开展应急救援工作，造成严重后果的，由所在地履行统一领导职责的人民政府责令停产停业，暂扣或者吊销许可证或者营业执照，并处五万元以上二十万元以下的罚款。
治安管理处罚：
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第五十条，若施工单位拒不执行人民政府在紧急状态情况下依法发布的决定、命令，如未批准复工就擅自复工，处警告或者二百元以下罚款；情节严重的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款。
刑事责任：
- 若施工单位的行为违反了传染病防治法的规定，且引起了甲类传染病或依法确定采取甲类传染病预防、控制措施的传染病传播或有传播严重危险，根据《中华人民共和国刑法》第三百三十条，还可能构成犯罪，处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
综上所述，施工单位未办理复工手续擅自复工，不仅可能面临行政处分和通报批评，还可能被罚款、停产停业，甚至承担刑事责任。因此，我建议施工单位应严格遵守政府的相关规定和命令，确保在办理完复工手续后再进行复工，以避免不必要的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。