公司要求怀孕员工停薪留职，除非是基于双方自愿协商一致且达成书面协议，否则一般是不合法的。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第二十九条明确规定，女职工在孕期、产期、哺乳期内的，用人单位不得解除劳动合同。此条款旨在保护女性员工的合法权益，确保她们不会因生理特殊时期而遭受不公正待遇。
2. 《女职工劳动保护特别规定》第五条也强调，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退或与其解除劳动合同。这进一步确保了怀孕女职工在职场上的稳定性和经济权益。

二、停薪留职的合法性分析

1. 停薪留职的本质：停薪留职意味着员工停止工作，用人单位停止支付工资，但保留职位。对于怀孕女职工而言，这种安排实际上损害了其获得劳动报酬的基本权利。
2. 违法性判断：如果公司在员工怀孕期间单方面决定停薪留职，这明显违反了上述法律条款中关于保护孕期女职工权益的规定。怀孕女职工有权在遵守正常工作制度和履行工作职责的前提下，享受与正常工作时相同的工资待遇。

三、特殊情况下的合法性

• 如果怀孕女职工因身体等特殊原因，主动向公司提出停薪留职申请，并且双方经过协商一致后达成书面协议，这种情况下是合法有效的。关键在于必须是女职工自愿主动提出，而非公司强制要求。

四、应对措施与建议

1. 与公司沟通：首先尝试与公司进行友好沟通，明确表达自己对停薪留职的反对意见，并要求公司恢复正常的工资待遇和工作安排。
2. 收集证据：如果公司坚持要求停薪留职或采取其他不当措施，员工应开始收集相关证据，如工资条、工作记录、与公司沟通的邮件或录音等，以备后续维权之需。
3. 法律维权：如果无法与公司达成一致，员工可以向当地劳动监察部门投诉，要求公司纠正违法行为。必要时，还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

综上所述，公司要求怀孕员工停薪留职通常是不合法的，除非双方自愿协商一致并达成书面协议。怀孕女职工应了解自己的法律权益，并在必要时采取相应措施维护自己的合法权益。