确认劳动关系纠纷在一般情况下是不能通过调解来处理的。下面我为您详细解释这一结论：

1. 司法实践中的争议与惯例：

   • 在司法实践中，对于确认劳动关系纠纷能否调解，确实存在较大的争议。
   • 有仲裁委和法院基于现行法律的理解和认知，认为确认劳动关系纠纷原则上不能调解。
   • 这主要因为劳动关系是劳动者和用人单位权利与义务的基础，涉及双方明确的权利、义务，有时当事人可能会利用调解掩盖非法目的，如虚构劳动关系以缴纳保险或享受待遇等，这可能损害其他相关方的利益。
   • 因此，裁判机构对于“因确认劳动关系发生的争议”持审慎态度，并逐渐形成了确认劳动关系纠纷不能调解的惯例。

2. 法律依据：

   • 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第一百四十三条，适用特别程序、督促程序、公示催告程序的案件，婚姻等身份关系确认案件以及其他根据案件性质不能进行调解的案件，不得调解。确认劳动关系纠纷被视为涉及身份关系的案件，因此不得调解。
   • 《劳动人事争议仲裁办案规则》(2017修订)第七十五条也规定，仲裁委员会对于确认劳动关系的争议不予受理，这进一步支持了确认劳动关系纠纷不能调解的观点。

3. 实际操作中的考虑：

   • 确认劳动关系案件涉及对事实的认定，并不仅仅是双方当事人之间的利益取舍。如适用调解程序，容易被当事人利用，以合法形式掩盖非法目的，从而违背客观事实。
   • 因此，从维护法律秩序和公平正义的角度出发，确认劳动关系纠纷通常不通过调解来处理。

综上所述，确认劳动关系纠纷在一般情况下是不能通过调解来处理的。如果您面临此类纠纷，建议通过正规的仲裁或诉讼程序来解决，以确保您的合法权益得到妥善维护。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。