有些公司申请特殊工时工作制，主要是因为其生产特点或工作岗位特性无法按照标准工时制度进行工作，需要通过特殊工时工作制来适应其特殊的生产经营需求。以下是详细分析：
一. 特殊工时工作制的适用情况
不定时工作制：适用于因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的岗位。例如，企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员等，这些岗位的工作性质使得他们无法按照固定的工作时间进行工作，因此需要实行不定时工作制。
综合计算工时工作制：适用于因工作性质特殊需连续作业的岗位，或受季节和自然条件限制需要集中作业的岗位。如交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中需连续作业的职工，以及地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工。这些岗位需要在一段时间内连续作业，因此适合实行综合计算工时工作制。
二. 申请特殊工时工作制的原因
满足特殊生产经营需求：某些公司的生产经营活动具有特殊性，如需要连续作业或受季节、自然条件限制等，这使得他们无法按照标准工时制度进行工作。为了适应这种特殊的生产经营需求，公司需要申请特殊工时工作制。
提高工作效率：通过实行特殊工时工作制，公司可以更加灵活地安排工作时间，从而提高工作效率。例如，在交通、铁路等行业中，通过实行综合计算工时工作制，可以确保在高峰期有足够的员工在岗，提高服务质量。
保障员工权益：虽然特殊工时工作制可能会对员工的工作时间产生一定影响，但公司在申请时也会充分考虑员工的权益。通过合理安排工作时间和休息时间，提供必要的劳动保护和福利待遇，公司可以确保员工的休息休假权利和健康权得到保障。
综上所述，公司申请特殊工时工作制主要是为了满足其特殊的生产经营需求，提高工作效率，并保障员工的权益。在申请时，公司需要严格按照相关法律法规和政策要求进行操作，确保申请过程合法合规。