损害企业主公平竞争权利违反《政府采购法》第三条。以下是对此问题的详细分析：

一. 法条依据与解读

1. 《政府采购法》第三条：在政府采购活动中，应当遵循公开透明原则、公平竞争原则、公正原则和诚实信用原则。这一条款明确规定了政府采购活动应当遵循的基本原则，其中就包括公平竞争原则。

二. 公平竞争权利的重要性

• 公平竞争是市场经济的基本原则之一，也是政府采购活动中必须遵循的重要原则。企业主作为市场经济的参与者，有权在政府采购活动中享受公平竞争的环境。
• 损害企业主的公平竞争权利，不仅违反了《政府采购法》的相关规定，也破坏了市场经济的正常秩序，影响了政府采购活动的公正性和透明度。

三. 违反公平竞争权利的法律后果

• 如果在政府采购活动中存在损害企业主公平竞争权利的行为，相关责任主体可能会面临法律制裁，包括但不限于行政处罚、民事赔偿等。
• 同时，这种行为也会损害政府采购活动的声誉和公信力，影响政府与社会各界的信任关系。

综上所述，损害企业主公平竞争权利明确违反了《政府采购法》第三条。我建议相关责任主体应当严格遵守法律法规，确保政府采购活动的公开、公平、公正和诚实信用，维护市场经济的正常秩序和政府采购活动的良好声誉。如有进一步需要，您可以继续咨询我。