针对您提出的问题，我们首先明确一点：即使签订了退款协议并约定了不能再起诉的条款，但如果后来发现扣款不合理，您仍然有权向市场监管部门进行举报。接下来，我将从几个角度详细解释这一问题。

1. 协议条款的效力：

   • 退款协议中的“不能再起诉”条款，通常指的是双方就争议事项达成和解后，放弃通过诉讼方式解决争议的权利。但这并不意味着放弃了对不合理扣款行为的举报权。
   • 如果扣款确实存在不合理之处，那么这种不合理行为可能违反了相关法律法规，如《消费者权益保护法》等。此时，向市场监管部门举报是维护自身合法权益的正当行为。

2. 市场监管部门的职责：

   • 市场监管部门负责监督市场行为，保护消费者权益。如果消费者发现商家存在不正当行为，如不合理扣款，可以向市场监管部门进行举报。
   • 市场监管部门在接到举报后，会依法进行调查处理，对违法行为进行处罚，并可能帮助消费者追回损失。

3. 协议与法律法规的关系：

   • 协议条款不能违反法律法规的强制性规定。如果退款协议中的“不能再起诉”条款被解释为剥夺了消费者向市场监管部门举报的权利，那么这一条款将因违反法律法规而无效。
   • 因此，即使签订了退款协议，您仍然有权在发现不合理扣款后向市场监管部门进行举报。

4. 后续行动建议：

   • 在向市场监管部门举报之前，建议您先收集相关证据，如退款协议、扣款记录、交易凭证等，以便更好地证明自己的主张。
   • 如果市场监管部门调查后确认存在不合理扣款行为，您可以要求商家进行退款或赔偿。如果商家拒绝配合，您可以考虑通过法律途径进一步维护自己的权益。

综上所述，即使签订了退款协议并约定了不能再起诉的条款，您仍然有权在发现不合理扣款后向市场监管部门进行举报。这是维护自身合法权益的正当行为，也是市场监管部门履行其职责的重要内容。如果您在举报过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。