公司法第88条已被确认停止溯及既往的适用，即不适用于新法施行前的行为。具体分析如下：

一. 公司法第88条的内容及争议

• 公司法第88条是2023年修订公司法时新增加的规定，主要涉及股东转让未届出资期限的股权时，转让人和受让人的出资责任问题。
• 该条款自2024年7月1日起施行后，引发了关于其是否具有溯及既往效力的争议。

二. 法工委的决策及理由

1. 法不溯及既往的原则：根据《立法法》第一百零四条，法律、行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例、规章不溯及既往，但为了更好地保护公民、法人和其他组织的权利和利益而作的特别规定除外。公司法第88条不存在但书情形，因此不应溯及既往。
2. 公民的预判性问题：法律应确保新制定的法律不应回溯适用于其生效前已发生的行为或事件，以维护法律的稳定性和预测性。公司法第88条的停止适用，维护了法律的连续性和一致性，使公民能够依据现有的法律规定来合理预判和规划自己的行为。
3. 法益保护的问题：如果公司法第88条具有溯及力，那么在新公司法生效前已完成的股权转让行为可能会面临法律上的不确定性，甚至可能使原股东承担额外的法律责任。停止适用该条款，是对已完成股权转让股东合法权益的深切关怀与有力保障。

三. 对现有案件的影响

• 全国人大法工委关于公司法第88条不具有溯及力的决定，对涉及该条款的案件产生了深远影响。
• 四川省高院此前已采取暂缓执行措施，如今法工委的决定可能会推进更多法院暂缓审理这类案件，并暂停了已判决案件的执行程序，等待相关司法解释的正式发布。

综上所述，公司法第88条已被确认停止溯及既往的适用，这一决定维护了法律稳定性，保障了公民对法律的预判性，并对已完成股权转让的股东权益提供了有力保护。如有进一步需要，您可以继续咨询我。