事业单位法人证书不会因校长的更换而变更。下面我对此进行详细分析：

一. 事业单位法人证书的性质

• 事业单位法人证书是事业单位法人资格的唯一合法凭证，由登记管理机关依法颁发。它代表了事业单位的法律地位和法人资格，是事业单位开展活动、承担法律责任的依据。

二. 校长更换对事业单位法人证书的影响

• 校长的更换是事业单位内部人事变动的一部分，这种变动并不影响事业单位本身的法人资格和法律地位。因此，校长更换并不需要更换事业单位法人证书。
• 事业单位法人证书的变更通常与事业单位的设立、合并、分立、撤销等重大事项相关，而这些事项都需要经过严格的法定程序，并由登记管理机关依法办理变更登记。

三. 相关法律依据

• 根据《事业单位登记管理暂行条例》及其实施细则，事业单位的设立、变更、注销等都需要依法进行登记。而校长的更换并不属于需要办理变更登记的事项。

综上所述，事业单位法人证书不会因校长的更换而变更。它是事业单位法人资格的唯一合法凭证，与事业单位内部的人事变动无关。如有进一步需要，您可以继续咨询我。