软件著作权在认定高新技术企业时确实通常只能使用一次。以下是具体的分析：

一. 软件著作权的使用次数

1. 单次使用原则：根据公开的知识产权领域信息，软件著作权在申报高新技术企业时，其作为证明材料的效力具有单次性。这是因为软著的核心价值在于其创新性和独特性，一旦在申报过程中被使用过，其作为新创性证明材料的效力便会受到限制，因此通常只能使用一次。
2. 多次申报的可能性：虽然每个软著只能使用一次，但企业如果拥有多个软著，或者后续又取得了新的软著成果，完全可以凭借这些新的软著再次申报高新技术企业。

二. 对企业的建议

• 合理规划：企业在规划申报高新技术企业时，应充分评估自身的软著储备和创新能力，合理安排申报策略，确保每次申报都能有足够的创新点支撑。
• 持续创新：企业应注重持续研发和创新，不断积累新的软著成果，以便在未来的申报中能够持续展现其创新能力。

综上所述，软件著作权在认定高新技术企业时确实只能使用一次。但企业可以通过合理规划和创新积累，确保在后续的申报中仍有足够的软著资源可用。如有进一步需要，您可以继续咨询我。