您好，关于国企单位是否可以自行认定工龄的问题，首先我们要明确工龄的认定并不是由单位自行决定的，而是依据国家的相关政策和法规来进行的。

工龄的计算通常与个人的社会保险缴纳情况紧密相关。在大多数情况下，工龄是根据个人实际参保的年限来确定的，这意味着您的工龄将由社会保险机构根据您的缴费记录来认定，而不是由您所在的国企单位自行决定。

针对您提到的具体情境，即劳动合同签订主体与社保代缴主体不一致的情况，这确实可能给工龄认定带来一些复杂性。但根据一般原则，工龄的计算应以实际参保情况为准。如果您的工作经历和社保缴纳记录是清晰且连续的，那么无论劳动合同是与哪家公司签订的，您的工龄都应该能够得到公正、准确的认定。

当然，如果在实际操作中遇到任何问题或疑虑，建议您及时咨询当地的人社部门或社保机构，他们可以提供最权威、最准确的解答和帮助。同时，也建议您保留好所有与工作和社保缴纳相关的文件和记录，以备不时之需。

综上所述，国企单位不能自行认定工龄，而是需要根据国家的相关政策和法规，以及个人的社会保险缴纳情况来进行认定。希望这个解答能够对您有所帮助。