农民工5000元欠款是可以立案的。具体来说，有以下几种途径可以维护农民工的合法权益：

1. 向劳动监察部门投诉：

   • 只要能够明确指出被投诉的单位，有具体的诉求，并且该案件属于劳动监察部门的管辖范围，劳动监察部门就会受理立案。
   • 农民工需要准备相关证据，如劳动合同、工资欠条、工作记录等，以证明与用人单位存在劳动关系以及工资被拖欠的事实。

2. 向法院起诉：

   • 依据《民事诉讼法》，如果原告（农民工）和该案件有直接利害关系，有明确的被告（欠款单位或个人），有具体的诉讼请求、事实和理由，并且该案件属于法院受理民事诉讼的范围以及受诉法院的管辖范围，法院就会立案。
   • 起诉前，农民工需要准备起诉状、证据材料以及双方的身份信息证明，并缴纳相应的诉讼费用。

3. 法律建议：

   • 农民工在维权过程中，应尽可能收集充分的证据来支持自己的诉求，包括劳动合同、工资欠条、聊天记录、证人证言等。
   • 如果遇到用人单位恶意拖欠且存在转移财产等逃避支付行为，农民工还可以通过法律途径追究其拒不支付劳动报酬罪的责任。
   • 维权过程中，农民工应注意诉讼时效，及时向法院提起诉讼，避免超过诉讼时效期间而丧失法律保护。

总之，农民工在遇到工资被拖欠的情况时，不必担心金额少而无法维权，应积极运用法律武器保护自己。如果还有其他法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。