针对您提出的“员工私自兑换积分换商品达三千元以上会怎么处理”的问题，这主要涉及到员工行为违规及可能承担的法律责任。以下是我根据多领域法律实务经验给出的分析：

1. 公司内部处理：

   • 首先，公司会根据内部规章制度对员工进行相应处理。这通常包括警告、罚款、降职、解雇等纪律处分。
   • 若公司规章制度中明确规定了此类行为的处罚措施，且该规定不违反法律法规，公司可依据规定执行。
   • 公司还可能要求员工赔偿因私自兑换积分给公司造成的经济损失。

2. 法律责任：

   • 若员工私自兑换积分的行为构成侵占公司财物，且数额较大（如您所述的三千元以上），可能触犯刑法中的侵占罪。
   • 侵占罪属于自诉案件，公司需收集相关证据，向法院提起刑事诉讼，追究员工的刑事责任。
   • 若员工行为不构成犯罪，但违反了治安管理处罚法，可能面临行政处罚，如罚款、拘留等。

3. 民事赔偿：

   • 公司有权要求员工赔偿因私自兑换积分造成的直接经济损失，包括但不限于商品价值、积分价值及因处理此事产生的合理费用。
   • 若员工行为导致公司声誉受损，公司还可要求员工承担名誉损失的赔偿责任。

综上所述，员工私自兑换积分换商品达三千元以上，不仅可能面临公司内部纪律处分，还可能承担法律责任及民事赔偿责任。建议公司及时采取措施，收集证据，并咨询专业律师以维护自身权益。若您有更多关于此问题的疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。