关于您提出的“办理施工许可后判决施工合同无效”的问题，这是一个涉及建设工程合同纠纷的复杂问题。以下是我根据您的咨询，结合相关法律法规和专业知识，给出的详细解答：
结论前置：即使已经办理了施工许可，施工合同在特定情形下仍可能被判决为无效。这主要取决于合同是否存在违反法律法规强制性规定、承包人资质问题、招标流程问题或非法转包、违法分包等情形。
详细分析：
承包人资质问题：
- 如果承包人在签订合同时未取得建筑施工企业资质，或者超越了其资质等级承接工程，那么所签订的施工合同将被认定为无效。即使后续办理了施工许可，也无法改变合同无效的事实。
借用资质或名义：
- 实际施工人没有资质，却借用有资质的建筑施工企业名义签订施工合同，这种“挂靠”行为同样会导致合同无效。即使施工许可已经办理，合同的有效性仍然不受影响。
招标流程问题：
- 对于必须进行招标的建设工程，如果未依法进行招标，或者招标过程中存在串标、围标、虚假招标等导致中标无效的情形，那么基于该中标结果签订的施工合同也将被认定为无效。
非法转包、违法分包：
- 承包人将工程非法转包给第三人，或者以分包名义肢解后分别转包，以及将工程分包给无资质单位或分包单位再分包，这些都属于非法转包或违法分包行为，所签订的施工合同同样无效。
违反法律法规强制性规定：
- 如果施工合同的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，特别是效力性强制性规定，如违反城乡规划、工程质量标准不符合国家规定、违反环保法规等，那么合同也可能被认定为无效。
法律后果与建议：
- 法律后果：施工合同被判决无效后，双方基于合同所取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。同时，有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失。
- 建议：在签订施工合同前，务必仔细审查承包人的资质和招标流程，确保符合相关法律法规的要求。同时，合同内容应明确、具体，避免违反法律法规的强制性规定。一旦合同被判决无效，应及时咨询专业律师，以便妥善处理后续事宜。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您在建设工程合同纠纷方面还有其他问题，欢迎随时向我咨询。