您好，关于您提出的“机动车车主已起诉对方且车主败诉，其保险公司还可以代位追偿对方吗”这一问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确代位追偿的基本概念。代位追偿是指当保险标的遭受保险责任范围内的事故损失时，保险公司按照保险合同的约定向投保人或被保险人先行赔付后，依法从被保险人处取得对保险标的损失负有责任的第三方（即责任人）的追偿权。这是一种保险公司为被保险人提供的权益保障服务。

然而，在您的情境中，机动车车主已经起诉对方并且败诉。这意味着法院已经对事故责任进行了判定，且判定结果对车主不利。在这种情况下，车主的保险公司通常无法再进行代位追偿。因为代位追偿的前提是保险公司需要先行赔付给被保险人（即车主），然后再将追偿权转让给保险公司。既然车主已经败诉，那么保险公司就没有先行赔付的义务，自然也就无法取得追偿权。

此外，从法律角度来看，《道路交通安全法》等相关法律法规也规定了交通事故的赔偿责任和追偿机制。在这些规定中，并没有明确提到在车主败诉后保险公司还可以进行代位追偿的情况。

综上所述，机动车车主在起诉对方并败诉后，其保险公司通常无法进行代位追偿。如果车主对判决结果有异议或认为存在其他可以追偿的情况，建议咨询专业律师或法律机构以获取更准确的法律意见和帮助。