关于员工侵犯商业秘密给公司造成损失的诉讼时效问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：
结论前置
员工侵犯商业秘密给公司造成损失的诉讼时效，一般遵循《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的相关规定，即诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但在某些特定情况下，如法律另有规定，诉讼时效期间可能有所不同。
详细解答
一般规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百九十六条的规定，一般侵权责任的诉讼时效期间为三年。这意味着，自公司知道或者应当知道其商业秘密被员工侵犯且因此遭受损失之日起，三年内公司有权向人民法院提起诉讼，要求侵权员工承担相应的法律责任。
特殊规定：
- 如果涉及商业秘密的侵权行为同时触犯了刑法，即构成侵犯商业秘密罪，那么诉讼时效将受到刑事追诉时效的限制。此时，诉讼时效期间可能根据刑法的相关规定而有所不同。
- 另外，如果公司与侵权员工之间签订了保密协议或竞业禁止协议，并且这些协议中约定了更长的诉讼时效期间，那么公司可以按照协议约定的期间提起诉讼。但需要注意的是，协议约定的诉讼时效期间不能违反法律法规的强制性规定。
诉讼时效的起算：
- 诉讼时效期间自公司知道或者应当知道其商业秘密被侵犯且因此遭受损失之日起计算。这里的“知道或者应当知道”是指公司基于合理注意和正常管理能够发现侵权行为的存在。如果公司因自身原因未能及时发现侵权行为，那么诉讼时效期间将从公司实际发现侵权行为之日起计算。
诉讼时效的中断与中止：
- 在诉讼时效期间内，如果公司向侵权员工提出履行请求、提起诉讼或者申请仲裁等，将导致诉讼时效中断。中断后，诉讼时效期间将重新计算。
- 如果在诉讼时效期间的最后六个月内，因不可抗力或者其他阻碍不能行使请求权的，诉讼时效将中止。中止事由消除后，诉讼时效期间将继续计算。
综上所述，员工侵犯商业秘密给公司造成损失的诉讼时效一般为三年，但具体诉讼时效期间可能因特殊情况而有所不同。公司应密切关注自身商业秘密的保护情况，一旦发现侵权行为，应及时采取措施维护自身合法权益。