控股股东利用关联交易损害其他股东利益的情形，在实践中并不罕见。以下是对此问题的详细分析：
核心结论
控股股东利用关联交易损害其他股东利益，主要体现为通过不公平的交易条件、资金占用、操纵决策等方式，将公司利益输送给关联方，从而损害其他股东的合法权益。
具体情形
关联交易输送利益：
- 控股股东利用其控制地位，指示公司进行不公平的关联交易，如高价采购关联方的产品或服务，低价销售公司产品给关联方，从而转移公司利润。
- 示例：某公司控股股东控制的两家公司间进行高价采购，导致其中一家公司成本增加，利润受损，进而损害其他股东的分红权益。
占用公司资金：
- 控股股东或关联方长期占用公司资金，如无息借款、拖延支付货款等，影响公司资金流转和正常运营。
- 示例：公司控股股东控制的关联企业长期占用公司大额资金，导致公司资金链紧张，无法及时支付供应商货款，损害公司信誉和其他股东利益。
关联方操纵决策：
- 控股股东通过控制公司决策机构，如股东会、董事会等，做出对关联方有利但损害公司利益的决策。
- 示例：控股股东在股东会上主导通过为关联企业提供高额担保的决议，增加公司债务风险，损害其他股东利益。
其他不正当关联交易：
- 如利用关联关系进行虚假交易、虚构业务往来等，以骗取公司资金或资源。
- 示例：控股股东通过虚构与关联方的业务往来，骗取公司资金用于个人或关联方利益。
法律依据与责任
- 《中华人民共和国公司法》第二十一条：明确禁止利用关联关系损害公司利益，违反者需承担赔偿责任。
- 《中华人民共和国民法典》第八十四条：同样规定不得利用关联关系损害法人利益，否则需赔偿。
预防措施与建议
- 建立健全内部控制制度：对关联交易进行严格规范和审查，确保交易的公平性和合法性。
- 加强决策监督机制：形成全方位、多层次的监督体系，确保决策程序的合法性，防止控股股东滥用控制权。
- 充分披露关联关系：特殊主体在发生关联交易时，应主动向公司充分披露关联关系，并经合法决议程序后进行交易。
- 加强公司治理结构建设：明确各岗位职责和权限，防止内部人员滥用职权，保护其他股东的合法权益。
综上所述，控股股东利用关联交易损害其他股东利益的行为是违法的，并应承担相应的法律责任。公司应建立健全内部控制制度、加强决策监督机制、充分披露关联关系并加强公司治理结构建设，以预防此类纠纷的发生。同时，其他股东也应积极维护自身权益，对控股股东的违法行为进行监督和制约。