商住两用土地一般不可以建厂，这样做通常是不合法的。具体分析如下：
土地用途规定：
- 商住两用土地，顾名思义，主要是用于商业和住宅目的。其土地性质、规划指标等通常都是围绕商业和居住功能来设定的。
- 建设厂房属于工业生产活动，与商住用途不符。因此，在未经批准的情况下，擅自改变土地用途是违法的。
审批程序：
- 如果确实需要在商住两用土地上建厂，必须首先向相关土地管理部门提出变更土地用途的申请。
- 这通常涉及一系列复杂的审批程序，包括但不限于土地利用规划调整、环境影响评估、建设规划许可等。
- 只有经过这些合法审批程序，并获得相应批准后，才能变更土地用途并建设厂房。
法律后果：
- 如果未经批准擅自在商住两用土地上建厂，可能会面临土地管理部门的处罚。
- 处罚措施可能包括责令恢复原状、罚款、甚至拆除违法建筑等。
综上所述，商住两用土地一般不允许建厂，这样做通常是不合法的。如果你有具体的土地使用需求或疑问，建议详细咨询当地土地管理部门或专业律师，以确保你的行为符合法律法规的要求。