知识产权刑事保护中的三大难点主要包括以下几个方面：

一、鉴定难题

在知识产权刑事案件中，鉴定是一个至关重要的环节。然而，当前面临着没有指定专门的鉴定机构，以及假冒注册商标鉴定存在诸多问题。由于假冒产品种类繁多，有时产品质量检验机构可能以没有条件鉴定为由拒绝鉴定。这导致通常由被假冒注册商标的生产厂家对假冒产品真伪进行鉴定，但这种方式鉴定内容较简单且不规范。若单方面采信生产厂家的“鉴定意见”，则可能不符合刑事诉讼证据的证明要求，从而影响案件的公正处理。

二、司法鉴定依赖度高与认可度低的矛盾

在办理侵犯商业秘密犯罪案件时，司法鉴定作为最关键的证据，其重要性不言而喻。然而，当前存在着司法鉴定依赖度过高，而当事人对鉴定意见的认可度低的问题。这主要是因为司法鉴定过程中可能存在鉴定越权、程序违法、鉴定方法不科学等问题，导致鉴定意见的公信力受到质疑。这种反复鉴定现象不仅损害了司法鉴定的科学性和权威性，也增加了办案的难度和复杂性。

三、网络销售假冒注册商标商品犯罪认定难

随着网络技术的发展，网络销售假冒注册商标的商品逐渐成为知识产权刑事犯罪的新模式。然而，如何认定此类犯罪却成为了一个难题。被告人往往声称由于网络销售的特殊性，为了吸引顾客而进行虚假交易以赚取信用，这使得在依靠网站后台交易记录计算犯罪金额时难以排除虚假销售金额。检察机关在对此类辩解进行审查时，往往很难达到“排除合理怀疑”的刑事证明程度，从而给案件的认定和处理带来困难。

综上所述，知识产权刑事保护中的三大难点包括鉴定难题、司法鉴定依赖度高与认可度低的矛盾以及网络销售假冒注册商标商品犯罪认定难。为了解决这些问题，需要采取相应的措施，如明确鉴定主体、完善司法鉴定程序、采用多种取证方式等，以加大对知识产权犯罪的打击力度，充分保护相关权利人的合法权益。