打官司做工程鉴定，通常应由当事人双方共同协商选择鉴定机构，或由法院指定鉴定机构。具体分析如下：

一. 鉴定机构的确定方式

1. 双方协商：在发生工程纠纷并决定通过法律途径解决时，当事人双方可以共同协商选择一家具有相应资质的鉴定机构进行工程鉴定。这种方式能够体现双方的意愿，并有助于后续鉴定工作的顺利进行。

2. 法院指定：如果双方无法就鉴定机构的选择达成一致，或者对鉴定结果存在争议，可以向人民法院提出申请，由法院根据案件情况指定一家鉴定机构。法院指定的鉴定机构通常具有更高的权威性和公信力，能够确保鉴定结果的客观性和准确性。

二. 鉴定机构的选择标准

• 资质要求：选择的鉴定机构必须具备相应的工程鉴定资质，以确保其具备进行工程鉴定的专业能力和技术水平。
• 信誉良好：鉴定机构的信誉也是选择时需要考虑的重要因素。可以通过查询其历史鉴定记录、客户评价等方式来了解其信誉情况。
• 经验丰富：具有丰富鉴定经验的鉴定机构在处理复杂工程纠纷时更具优势，能够更准确地识别问题并给出合理的鉴定意见。

三. 鉴定过程中的注意事项

• 确保公正性：无论是双方协商还是法院指定，都应确保鉴定机构的公正性和独立性，避免其受到任何一方的不当影响。
• 明确鉴定范围：在委托鉴定机构前，应明确鉴定的范围和内容，以确保鉴定结果能够全面反映工程纠纷的实际情况。
• 配合鉴定工作：在鉴定过程中，当事人双方应积极配合鉴定机构的工作，提供必要的资料和便利条件，以确保鉴定工作的顺利进行。

综上所述，打官司做工程鉴定时，应由当事人双方共同协商选择鉴定机构或由法院指定鉴定机构。在选择过程中，应注重鉴定机构的资质、信誉和经验等方面，并在鉴定过程中积极配合其工作。如有进一步需要，您可以继续咨询我。