针对您提出的问题，“自然人股东发生变化时，股东大会是新法人签字还是老法人签字”，首先我们需要明确的是，股东大会的决议签字通常与法人代表的变更时点及具体事项相关。以下是对此问题的详细分析：

1. 法人代表变更的时点：

   • 在法人代表正式变更之前，即工商登记尚未完成之前，老法人仍然具有法人代表的身份和权限，因此，在此期间需要股东大会决议签字时，应由老法人进行。
   • 当法人代表变更已经完成工商登记，新法人即成为公司的合法代表，此后股东大会的决议签字应由新法人进行。

2. 具体事项的判断：

   • 如果股东大会的决议内容直接涉及法人代表的变更，且该变更已经获得相关部门的批准并完成了工商登记，那么在此决议上签字的自然应当是新法人。
   • 如果股东大会的决议内容与法人代表的变更无直接关联，或者虽然涉及但尚未完成变更手续，那么签字的就应当是当时的法人代表，即老法人。

3. 特殊情况的处理：

   • 在法人代表变更的过渡期间，如果因特殊原因（如老法人因病无法签字等）需要新法人提前介入并签字，应当确保这一行为符合公司章程和相关法律法规的规定，并可能需要通过其他法律文件（如授权委托书等）来明确新法人的签字权限。

综上所述，自然人股东发生变化时，股东大会的签字应由当时的法人代表进行，具体是新法人还是老法人，取决于法人代表变更的时点以及具体事项的判断。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。