在银行倒闭时，存款超过50万不全额赔付的原因主要在于存款保险制度的限额规定以及银行破产清算的实际情况。以下是对此问题的详细分析：
一. 存款保险制度的限额规定
最高偿付限额：根据《存款保险条例》第五条，存款保险实行限额偿付，最高偿付限额为人民币50万元。这一规定明确了存款保险赔付的上限，即单个储户在同一家银行的存款本金和利息合计超过50万元的部分，不在存款保险的保障范围内。
赔付原则：同一存款人在同一家投保机构所有被保险存款账户的存款本金和利息合并计算的资金数额在最高偿付限额以内的，实行全额偿付；超出最高偿付限额的部分，则依法从投保机构清算财产中受偿。这意味着，超过50万元的部分，其赔付情况将取决于银行破产清算的结果。
二. 银行破产清算的实际情况
清算顺序：在银行破产清算时，首先需要支付的是清算费用、所欠职工工资和劳动保险费用等。之后，才会对存款人超出50万元的部分进行按比例赔偿。由于破产银行往往资不抵债，清算财产有限，因此这种赔偿通常比例不高，甚至可能无法完全覆盖超出部分的存款。
赔付的不确定性：银行破产清算是一个复杂且耗时的过程，其结果受到多种因素的影响，包括银行的资产状况、负债情况、市场环境等。因此，对于超出50万元的部分，其赔付金额和时间都存在较大的不确定性。
综上所述，银行倒闭时存款超过50万不全额赔付的原因主要在于存款保险制度的限额规定以及银行破产清算的实际情况。为了确保资金的安全，存款人可以采取分散存款、了解银行经营状况、谨慎购买理财产品等措施来降低风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。