医疗器械公司委托三方库房是合法的，但需要按照相关法规办理相关手续。

具体来说，如果医疗器械公司想要委托外地的医疗仓库来存储其医疗产品，特别是二类和三类的产品，那么需要遵循《国家药品监督管理局关于医疗器械经营企业跨行政区域设置库房办理事项的通告》（2018年第108号）的相关规定。根据这一通告，跨行政区域设置库房的，需要办理相应的变更手续。

例如，在深圳市，如果医疗器械公司想要委托外地的仓库，那么需要先将医疗器械经营许可变更申请表及变更库房地址须提交的材料寄送至相关部门，并取得《验收结果反馈函》后再办理变更申请。这一流程可能涉及二类证件的变更以及三类证件变更时添加外部仓库地址等步骤，同时还需要提交委托协议，并注意其他可能的要求。

因此，医疗器械公司在委托三方库房时，应确保遵守相关法规，并按照规定办理相关手续，以确保其合法性。如果在办理过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律建议和指导。