关于您提出的“医疗器械委托第三方时是否可以盖自己公司的出库章”的问题，这主要涉及到《医疗器械经营质量管理规范》的相关规定。
首先，我们需要明确的是，根据《医疗器械经营质量管理规范》的要求，从事医疗器械批发业务的企业在医疗器械出库时，应当附随货同行单，并加盖本企业或者委托的专门提供医疗器械运输、贮存服务企业的出库印章。这一规定明确了出库印章的加盖主体，即可以是本企业，也可以是受委托的专门提供医疗器械运输、贮存服务的企业。
针对您的情况，如果您将医疗器械委托给了第三方进行运输或贮存，并希望在出库时加盖自己公司的出库章，这需要您仔细审视与第三方的委托协议以及相关法律法规的具体要求。从法规层面来看，并没有明确禁止在委托第三方时加盖自己公司的出库章，但关键在于这种做法是否符合您与第三方之间的协议约定，以及是否能够确保医疗器械在运输和贮存过程中的质量安全。
具体建议如下：
审查委托协议：首先，您需要仔细审查与第三方签订的委托协议，看其中是否有关于出库印章加盖的具体约定。如果协议中有明确规定，那么您应当遵循协议约定执行。
确保质量安全：无论您选择加盖自己公司的出库章还是第三方的出库印章，都必须确保医疗器械在运输和贮存过程中的质量安全。这包括选择有资质的第三方、确保运输和贮存条件符合要求等。
与第三方沟通：如果您希望加盖自己公司的出库章，建议与第三方进行充分沟通，明确双方的责任和义务，并确保这种做法不会给医疗器械的质量安全带来任何风险。
遵循法规要求：在做出任何决定之前，务必确保您的做法符合《医疗器械经营质量管理规范》以及其他相关法律法规的要求。
综上所述，虽然从法规层面来看并没有明确禁止在委托第三方时加盖自己公司的出库章，但具体做法需要根据您与第三方的委托协议以及相关法律法规的具体要求来确定。建议您在做出决定之前进行充分的审查和沟通，以确保医疗器械的质量安全并符合法规要求。