医院故意不让军检合格是违法的。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 医院行为的法律性质

1. 军检的严肃性与合法性：军检是军队选拔士兵的重要环节，具有严格的程序和标准。医院作为军检的医疗机构，应当严格按照相关规定进行体检，并如实出具体检报告。
2. 故意不让合格的行为性质：如果医院故意不让军检合格，即故意歪曲或篡改体检结果，这种行为不仅违反了军检的公正性和合法性，也损害了应征者的合法权益。

二. 相关法律法规

1. 《中华人民共和国兵役法》相关规定：根据该法，军队选拔士兵应当遵循公平、公正、公开的原则，任何单位和个人不得干涉或影响选拔工作的正常进行。医院故意不让军检合格，实际上是在干涉军队的选拔工作，违反了这一原则。
2. 《中华人民共和国刑法》相关规定：如果医院的行为构成故意提供虚假证明文件罪，还可能面临刑事责任。这取决于医院行为的严重程度和造成的后果。

三. 法律后果与责任

1. 行政责任：医院可能因违反军检规定而面临行政处罚，如警告、罚款等。
2. 民事责任：如果医院的行为给应征者造成了损失，应征者有权要求医院承担民事赔偿责任。
3. 刑事责任：如前所述，如果医院的行为构成犯罪，还可能面临刑事处罚。

综上所述，医院故意不让军检合格是违法的，不仅违反了军检的公正性和合法性，也损害了应征者的合法权益。我建议，如果应征者遇到这种情况，应当及时向相关部门举报，以维护自己的合法权益和军检的公正性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。