询证函金额与实际不符时，应首先通过沟通核实金额，并根据核实结果采取相应措施，如修正账目或寻求法律途径解决纠纷。

一. 沟通核实

1. 与对方单位联系：收到询证函后，若发现金额与实际不符，应立即与对方单位（如供应商、客户或审计机构）的财务部门或相关负责人取得联系，明确表达询证函金额与己方账目记录不一致的情况。
2. 核对账目：双方应共同核对相关交易记录，包括合同、发票、付款凭证等，以查明金额不符的具体原因。这可能是因为记账错误、遗漏交易或理解差异等导致的。

二. 根据核实结果采取相应措施

1. 账目修正：如果经过核对，发现是由于己方或对方单位的记账错误导致的金额不符，双方应协商一致，对错误账目进行修正，并重新确认询证函金额。
2. 调整询证函：根据核对后的正确金额，双方可重新签署或修改询证函，以确保其准确反映双方的交易情况。
3. 法律途径：如果双方无法就金额不符达成一致，或认为存在欺诈、违约等情形，可以考虑通过法律途径解决纠纷。例如，根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，如果合同双方对合同内容有争议，可以协商解决；协商不成的，可以请求人民法院或者仲裁机构予以解决。

三. 后续跟进与预防

1. 跟进处理结果：无论采取何种措施，都应跟进处理结果，确保问题得到妥善解决。
2. 完善内部控制：为防止类似情况再次发生，双方都应加强内部控制，完善账目管理制度，确保交易记录的准确性和完整性。

我建议，在处理询证函金额与实际不符的问题时，应保持冷静和客观，通过有效的沟通和核对来解决问题。如果无法达成一致，可以考虑寻求法律帮助，以维护自身的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。