转包违法分包的管理费确实应被视为自然之债，不受法律保护。以下是对此观点的详细分析：
一. 管理费性质的认定
不法原因给付：在转包或违法分包的情况下，承包人并未实际对工程进行管理，却收取了管理费。这种行为违反了建筑法等法律法规的禁止性规定，属于不法行为。管理费因此被视为不法原因给付，即承包人为了谋取不法利益而进行的给付。
自然之债的界定：不法原因给付产生的债权债务，虽然基于双方当事人的约定，但缺乏法定之债的原因，不产生法定义务或责任，因此应被认定为自然之债。
二. 管理费的处理方式
已履行部分的处理：对于已经交纳或者在拨付工程款时已经扣除的管理费，法律虽不强制当事人履行，但在当事人自愿履行后，应维护履行的效果。这意味着，一旦管理费已经被扣除或交纳，实际施工人再要求返还或主张将已扣除的管理费计入应付工程款数额，法律将不予支持。
未履行部分的处理：对于尚未交纳或在拨付工程款时尚未扣除的管理费，法律不应支持给付或扣除。因为当事人从事不法原因给付行为是为了满足私利，法律不应保护此类行为。同时，承包人对尚未交纳或扣除的管理费主张权利，也违背了“净手规则”，即当事人欲主张权利，首先须自身无过错。
综上所述，转包违法分包的管理费作为自然之债，不受法律保护。无论是已经扣除的管理费还是尚未扣除的管理费，其处理都应遵循上述原则。我的观点是，在实际操作中，应严格区分管理费的性质，并依据法律法规进行妥善处理，以维护建筑市场的秩序和公平正义。如有进一步需要，您可以继续咨询我。