在退还招标保证金时，通常会扣除的费用主要包括以下几个方面，但具体扣除哪些费用还需根据实际的招标文件、合同约定以及相关法律法规来确定：

1. 逾期提交或未按时退还的违约金：

   • 如果招标文件或合同中规定了保证金提交的时间限制，并且规定了逾期提交的违约金，那么在退还保证金时可能会扣除这部分费用。
   • 同样，如果规定了保证金在特定时间内必须退还，但投标人未按时退还，也可能会产生违约金并被扣除。

2. 因投标人违约而导致的损失赔偿：

   • 如果投标人在招标过程中存在违约行为，如提供虚假信息、未履行投标承诺等，且这些违约行为给招标方造成了实际损失，那么招标方有权在退还保证金时扣除相应的损失赔偿费用。

3. 招标文件中明确规定的扣除费用：

   • 招标文件中可能会明确规定一些需要扣除的费用，如标书制作费、评审费等。这些费用通常会在招标文件或合同中明确列出，并在退还保证金时相应扣除。

4. 其他合法合规的扣除：

   • 除了上述几种情况外，如果法律法规或相关政策允许在特定情况下扣除保证金中的部分费用，且这种情况在实际操作中发生，那么也会按照相关规定进行扣除。

需要注意的是，招标保证金的退还和扣除应当遵循公平、公正、合法的原则，并确保投标人的合法权益不受侵害。如果投标人对保证金退还或扣除有异议，可以通过法律途径进行维权。同时，建议投标人在参与招标活动前仔细阅读招标文件，了解保证金的相关规定和要求，以避免不必要的纠纷。