吃了回扣的合作合同，并不必然导致合同无效，其效力认定需要根据具体情况来分析。以下是几点详细解释：

1. 违反诚实信用原则与不正当竞争：

   • 吃回扣行为如果违反了诚实信用原则，或者构成了不正当竞争行为，损害了其他市场参与者的利益，干扰了市场的正常秩序，那么这样的合同有可能被认定为无效。

2. 法律法规的强制性规定：

   • 如果吃回扣行为违反了相关的法律法规，如商业贿赂相关规定等，根据《中华人民共和国民法典》的规定，违反法律、行政法规的强制性规定的合同无效。因此，在这种情况下，合同也会被认定为无效。

3. 合同目的的实现：

   • 吃回扣可能导致合同目的无法实现。因为回扣的存在可能改变合同的原本约定和交易条件，使得合同的履行不能达到双方预期的目的。如果合同目的无法实现，合同也可能因此失去存在的意义而被认定为无效。

4. 合法合规的回扣：

   • 然而，并非所有的回扣都会导致合同无效。如果回扣行为在法律允许的范围内，比如是基于正常的商业促销、折扣等合理商业安排，且符合相关程序和规定，那么合同通常是有效的。

综上所述，吃了回扣的合作合同是否有效，需要根据回扣行为的性质、是否违反法律法规以及合同目的的实现情况等因素来综合判断。如果你在具体合同中遇到了这样的问题，建议详细咨询专业律师，以便得到更准确的法律意见。