公司因保密要求员工把微信全部删除，这一行为可能涉及侵犯员工个人隐私和通信自由，因此并不合法。下面我从几个角度来分析这个问题：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国宪法》第四十条，中华人民共和国公民的通信自由和通信秘密受法律的保护。除因国家安全或者追查刑事犯罪的需要，由公安机关或者检察机关依照法律规定的程序对通信进行检查外，任何组织或者个人不得以任何理由侵犯公民的通信自由和通信秘密。
   • 《中华人民共和国民法典》也明确规定了个人隐私受法律保护，任何组织或个人不得非法窥视、刺探、公开或传播他人的隐私。

2. 公司权利与员工权利的界限：

   • 公司有权制定内部规章制度，要求员工保守公司商业秘密，但这并不意味着公司可以无限制地侵犯员工的个人权利。
   • 员工使用微信可能包含个人通信内容，这些内容属于员工的个人隐私，受法律保护。

3. 公司保密措施的合法性：

   • 公司可以采取合法的保密措施，如签订保密协议、限制员工在公司设备或网络上访问或存储敏感信息等。
   • 但要求员工删除个人微信账户，显然超出了公司保密措施的合理范围，构成了对员工个人权利的侵犯。

4. 建议与解决方案：

   • 公司应重新审视其保密政策，确保政策内容合法、合理，不侵犯员工的合法权益。
   • 如果公司确实需要限制员工在某些方面的行为以保护商业秘密，应通过与员工协商、签订协议等方式明确双方的权利和义务。
   • 员工也应自觉遵守公司的保密规定，但同时也要保护好自己的个人隐私和合法权益。

综上所述，公司因保密要求员工把微信全部删除是不合法的。公司应采取合法、合理的保密措施，并尊重员工的个人隐私和通信自由。如果员工认为公司的要求侵犯了自己的合法权益，可以向相关部门投诉或寻求法律援助。